สิ่งที่ปลาหมึกส่วนใหญ่ทิ้งเอาไว้คือเปลือกของพวกมัน ซึ่งมักจะมองเห็นสิ่งมีชีวิตได้เพียงเล็กน้อย และถอดรหัสได้ยากกว่าระบบโครงร่างของสัตว์มีกระดูกสันหลัง Neale Monks เขียนเกี่ยวกับประวัติของแอมโมนอยด์ว่า "กระดูกสัตว์มีกระดูกสันหลังมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับกล้ามเนื้อที่เชื่อมต่อกับพวกมัน ปลาหมึก การดูโครงกระดูกของไดโนเสาร์หรือแมมมอธจะบอกคุณได้มากมายว่าสัตว์เหล่านี้ถูกประกอบเข้าด้วยกันอย่างไรและมันมีลักษณะอย่างไรในชีวิต ในทางตรงกันข้าม เปลือกของแอมโมไนต์นั้นเป็นใบ้”