ต้นมะละกอถือเป็นต้นไม้ชนิดหนึ่ง แม้ว่าลำต้นคล้ายต้นปาล์มซึ่งสูงถึง 8 เมตร (26 ฟุต) ก็ไม่มีลักษณะเป็นไม้ตามที่มีความหมายโดยทั่วไป ต้นไม้ถูกครอบด้วยใบเป็นแฉกลึก บางครั้งกว้าง 60 ซม. (2 ฟุต) เกิดจากก้านใบกลวง (ก้านใบ) ยาว 60 ซม. โดยปกติแล้ว สปีชีส์นี้จะแยกจากกัน ดอกตัวผู้และดอกตัวเมียจะถูกผลิตบนต้นที่แยกจากกัน แต่เป็นที่ทราบกันดีว่ามีรูปแบบกระเทย และความผิดปกติมากมายในการกระจายเพศนั้นพบได้ทั่วไป ดอกเพศผู้ออกเป็นกระจุกตามก้านยาว 90 ซม. ความอิ่มอกอิ่มใจ ดอกเป็นรูปกรวย ยาวประมาณ 2.5 มม. (0.1 นิ้ว) สีขาว มีเกสรตัวผู้ 10 อันในคอ ดอกตัวเมียมีขนาดใหญ่กว่ามาก ก้านใบสั้นมาก และมักออกเดี่ยวตามซอกใบ พวกมันมีกลีบเนื้อห้ากลีบที่รวมกันอยู่ที่ฐานและรังไข่ด้านบนทรงกระบอกหรือทรงกลมขนาดใหญ่ที่สวมมงกุฎด้วยปานนั่งรูปพัดห้าอัน