ความหลากหลายของสีดอกไม้ถือเป็นของขวัญที่สวยงามที่สุดอย่างหนึ่งจากธรรมชาติ และทำหน้าที่เป็นเครื่องมืออเนกประสงค์สำหรับนักชีวเคมีพืช นักพันธุศาสตร์ และนักนิเวศวิทยา ดอกไม้หลากสีประกอบด้วยเม็ดสีและเม็ดสีร่วมต่างๆ เบตาเลน แคโรทีนอยด์ และแอนโทไซยานินเป็นกลุ่มเม็ดสีหลักสามกลุ่มที่มีลักษณะเฉพาะเป็นอย่างดี ฟลาโวนอล pH และไอออนยังมีบทบาทสำคัญในการกำหนดสี ดอกฝ้าย นอกจากผลกระทบทางพันธุกรรมภายนอกแล้ว ปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม เช่น แสงและอุณหภูมิยังส่งผลต่อสีของดอกไม้อีกด้วย นอกจากฟีโนไทป์ทั่วไปแล้ว สียังช่วยให้ดอกไม้มีหน้าที่ทางชีวภาพที่หลากหลาย เช่น การป้องกันแสงยูวี และการดึงดูดของแมลงผสมเกสรภายในดอกไม้ดอกเดียว การเปลี่ยนสีในระหว่างการพัฒนาของดอกจะแพร่หลายไปทั่วแองจิโอสเปิร์ม การศึกษาหลายชิ้นระบุว่า แม้ว่าจะมีความสำคัญต่อปฏิกิริยาระหว่างแมลงผสมเกสร แต่กลไกของการเปลี่ยนสีของดอกไม้ก่อนและหลังออกดอกยังไม่เป็นที่เข้าใจกันดีนักฟลาโวนอยด์ โดยเฉพาะแอนโธไซยานิ ดินไกลโคไซด์เป็นเม็ดสีดอกไม้ที่สำคัญ[16] เมแทบอลิซึมของวิถีฟลาโวนอยด์ได้รับการวิเคราะห์อย่างดีในพิทูเนีย , อาราบิดอปซิสและแอนติรินัม ในกรณีส่วนใหญ่ การสะสมของแอนโทไซยานินมีการเชื่อมโยงอย่างแน่นหนากับการพัฒนาของดอกไม้และการเปลี่ยนสี เส้นทางการสังเคราะห์แอนโธไซยานินส่วนใหญ่ได้รับการศึกษา และการสังเคราะห์ฟลาโวนอลทางชีวภาพซึ่งร่วมกับการสังเคราะห์แอนโทไซยานินซึ่งประกอบด้วยเส้นทางการสังเคราะห์ทางชีวภาพที่สำคัญในเมแทบอลิซึมของฟลาโวนอยด์ ก็ได้รับการศึกษาอย่างดีในการพัฒนาดอกไม้ เนื่องจากมีสารต้านอนุมูลอิสระสูงและป้องกันรังสียูวี เม แทบอลิซึมของฟลาโวนอลและแอนโทไซยานินสามารถถูกกระตุ้นได้ด้วยแสง